Дополнение к игре Total War: SHOGUN 2 – «Закат самураев» было посвящено трагическим событиям конца 19 века, а именно борьбе сегуната и сторонников императорской власти. Действия данного дополнения разворачиваются спустя целых 400 лет после событий, происходящих в оригинальной игре. Вековая культура самураев находится под сильным давлением развитых капиталистических стран, которые еще к тому же вооружены передовыми технологиями.
Вмешательство США, Франции и Великобритании во внутренние дела Японии привело к безжалостной и кровопролитной гражданской войне, исход которой определит все будущее Японии.